Se fundó el 1 de junio de 1940 en San Isidro. 

Historia de la Escuela La actual Escuela de Educación Media Nro. 3 "Libertador Gral. San Martín" fue creada el 1º de junio de 1940 como Escuela Argentina de Orientación Profesional y oficializada por la Provincia de Buenos Aires por Decreto Nro. 13.744 del año 1948. 

Estas escuelas argentinas estaban mantenidas por las asociaciones cooperadoras vecinales que, con la autorización del gobierno de la Provincia, funcionaban en el horario de 18 a 20,30 horas en edificios de escuelas primarias. La cooperadora abonaba los sueldos de los profesores y corría con los demás gastos de mantenimiento. 

Cuando la escuela fue oficializada en junio de 1948, se le cambió el nombre por "Escuela Profesional Mixta Nro. 4"y siguió con los mismos cursos que se dictaban, que eran casi todos de un año y unos pocos de dos. 

El día 4 de diciembre de 1959 fue renombrada la escuela con el nombre de "LIBERTADOR GENERAL SAN MARTÍN" En 1965 en el mes de octubre asume el padrinazgo de la escuela el "Regimiento Granaderos a Caballo General San Martín” En 1969 se suprimieron los cursos de Mecanografía, Taquigrafía y Castellano y se creó el "Secretariado Comercial" incluyéndose esas materias y otras más, con una duración de tres años en el horario de 18 a 21,10hs. 

En 1970 se creó el curso de "Constructores de 3ra. categoría", el segundo en la Provincia de Buenos Aires. En Abril de 1977 la escuela había pasado a ser la Técnica Nº 3 Más tarde, esta especialidad daría origen a la actual "Escuela de Educación Técnica Nro.1" de San Isidro año 1987. 

1980 Sobre la base de las especialidades comerciales, se creó el curso de Perito Mercantil, que luego fue reemplazado en 1987 por el "Bachillerato Contable especializado en Administración y Organización de Empresas" de cuatro años de duración. 

1980 -1990 En esta década la escuela fue creciendo y en su incesante deseo de dar respuesta a los requerimientos de la comunidad, se implementa el Bachillerato Contable en 1985 abriéndose dos primeros años en el turno tarde En 1996, se abre el turno noche el Bachillerato para Adultos con orientación en Gestión y Administración de tres años de duración sustituye al anterior plan de cuatro años En 1987 se crean otras tres divisiones del turno mañana y por último en 1990 se hace extensivo este plan a dos divisiones del turno vespertino. A partir de la reforma educativa los primeros dos años de la Educación Media se incorporaron a la Educación General Básica (año 1997) como octavos y novenos años creándose la articulación con las Escuelas Primarias E.G.B. 2, 5 Y 26. convertidas en la E.S.B. Nº 20 

Hoy la ESB 20 y la EEM 3 se han unificado en una sola escuela, la Escuela de Eduacion Secundaria N°3 de San Isidro "Libertador Gral. Jose de San Martín"